运费发票的“一票制”和“两票制”1.运费直接支付给销售方，属于混合销售行为，和货物一起开具销售货物增值税专用发票，不得从第三方取得运输费增值税专用发票，即“一票制”；

　　2.运费支付给运输方，货款支付给销售方，属于两次增值税应税行为，运输方和销售方分别开具，不得从第三方取得运输费专用发票，即“两票制”；

　　《临沂东星焦化有限公司与山东七五能源有限公司买卖合同纠纷再审民事判决书》（山东省高级人民法院民事判决书（2016）鲁民再326号）（点击查看原文）：

　　②运输由七五能源公司组织，运费由七五能源公司承担；结算方式为承兑结算，款到发货，两票结算，运输票60元／吨，其余开具增值税发票。该增值税发票税率为17%。

　　③七五能源公司按约定给东星公司提供了公路、内河货物运输业统一发票和增值税发票。运输发票上载明承运人为微山县德隆运输有限公司、鱼台县永利运输有限公司等运输公司谈球吧。七五能源公司提供的运输发票东星公司作为进项税额抵扣增值税销项税额使用，抵扣税率为7%。

　　④2011年7月27日，山东省临沂市国家税务局作出临国税罚（2011）78号税务行政处罚决定书，认定：东星公司2009年度和2010年度支付运费谈球吧，收款方与承运人不一致，违反了1995年10月18日《国家税务局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》（国税发（1995）192号）第一条第三款“购进货物或应税劳务支付货款谈球吧、劳务费用的对象。纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项数额，否则不予抵扣”的规定，涉及七五能源公司提供的运输发票的抵扣税款为及附加合计125万元、罚款等（东星公司向山东省临沂市国家税务局缴纳了增值税款）。

　　⑤东星公司与七五能源公司签订煤炭工业合同，其双方实际进行煤炭交易时，东星公司将款全部支付给七五能源公司，七五能源公司交付煤炭，同时给东星公司提供增值税发票及多家运输公司的运输发票，东星公司将前述发票入账并进行了税务抵扣，双方事实上买卖均是按两票进行的，双方当事人对前述事实无异议。

　　七五能源公司主张双方为两票结算，其收款后出具的收据载明为货款，并未分别标明为货款或代收运费，也没有七五能源公司将运输公司出具的收据交东星公司的证据，其行为不符合运输的法律要求，七五能源公司收款后提供运输发票的行为不符合税法的相关规定，东星公司在收到收款单位与出具单位不一致运输发票时，并未提出异议，且未按法律的规定进行相应的税项进行抵扣。